Comentario
A partir de 1230 toda una serie de disposiciones pontificias intentaron acabar con las veleidades heterodoxas del franciscanismo, destacando la nulidad del Testamento y afirmando la suprema autoridad de Roma. La bula "Quo Elongati" (1230) de Gregorio IX negó la apelación a aquel documento como fuente complementaria e incluso supletoria de la regla, afirmando al tiempo la licitud del cobro de limosnas y su atesoramiento para fines piadosos por los franciscanos. Al año siguiente la bula "Nimis iniqua" fomentaba la participación de los frailes en el medio universitario y, entre 1239-1242, el elemento laico, todavía importante en la orden, perdió todos sus poderes institucionales. Los años 1245 y 1247 vieron la aparición de las bulas "Ordinem Vestrum" y "Quanto Studiosus", respectivamente, por las que Inocencio IV adscribía las propiedades de la orden a la Santa Sede por encima de toda jurisdicción episcopal y se designaban "procuratores" pontificios encargados de fiscalizar los asuntos económicos a nivel de custodias. Finalmente, en 1258, Alejandro IV confirmaba todas estas disposiciones reafirmando la autoridad papal en la bula "Mare mágnum".
Al calor de estas disposiciones pontificias la rama más conservadora de la orden, integrada por los llamados "conventuales", terminó por adquirir su definitiva fisonomía, en gran parte copiada de los dominicos. Sin embargo, lejos de acallar a los descontentos, estas medidas provocaron a partir de 1245 (rechazo de la "Ordinem vestrum") la ruptura de la orden y el escoramiento de los más radicales hacia posturas abiertamente heterodoxas.
Los "zelanti", posteriormente llamados espirituales, coincidían en rechazar las intervenciones pontificias como contrarias al espíritu franciscano, tal y como había quedado definido especialmente en el "Testamento". El punto básico de su programa consistía en la afirmación absoluta del ideal pauperístico, hasta el punto de aceptar tan sólo los alimentos diarios y el hábito como únicas propiedades de los frailes. El rechazo asimismo al estudio de la filosofía de Aristóteles, que se hacía extensivo a la participación en los medios universitarios, se unió a menudo a la defensa de las concepciones escatológicas de Joaquín de Fiore (muerto en 1207) cuya obra había sido ya condenada por el IV Concilio de Letrán y que parecía haber presagiado la aparición de los espirituales al hablar del "ordo justorum". En 1254 el franciscano heterodoxo Gerardo di Borgo San Donnino compuso su "Introducción al Evangelio eterno", en donde identificaba definitivamente las profecías del abad calabrés con el movimiento de los espirituales, tesis que fue acogida favorablemente por el propio general de la orden, Juan de Parma (1247-1257), lo que forzó a Roma a exigir su dimisión. El gobierno del moderado san Buenaventura (1257-1274) significó un compás de espera providencial que permitiría a la ortodoxia ganar a la mayor parte del franciscanismo. La aceptación matizada de las disposiciones pontificias, el desarrollo del ideal del "usus pauper", fiel al espíritu del fundador sin caer en el rigorismo de los espirituales y la licencia dada a los elementos mejor preparados de la orden para integrarse en el mundo universitario (constituciones de Narbona en 1260), fueron los principales frutos de este periodo de paz. El mismo san Buenaventura demostró su apego a esta vía media redactando tanto la nueva biografía de san Francisco, claramente contemporizadora, como unos comentarios a la "regula bullata" que permitían acoger favorablemente las disposiciones pontificias.
Sin embargo, a partir de 1274, el movimiento de los espirituales, aunque ya minoritario se reavivó, adoptando un sesgo cada vez más radical. Juan Pedro Olivi (1248-1298) y, sobre todo, Ángel Clareno (1247-1337) y Ubertino de Casale (1259-1328), fundadores de los "fratricelli", apostaron por el rechazo a la denominada "Ecclesia carnalis", desatando la reacción pontificia que osciló entre la represión y el dialogo. Momento culminante significó en ese sentido la promulgación en 1323 de la bula "Cum Inter Nonnullos" por Juan XXII, que condenaba expresamente la aspiración a la pobreza absoluta, incluso en Cristo, lo que molestó al franciscanismo moderado.
En cualquier caso la querella de los espirituales, mezclada ya con la crisis avinoñense no se solucionaría hasta el siglo XV, restando así eficacia a una orden que hubiese podido alcanzar, caso de no verse alterada por estas manifestaciones heterodoxas, enormes dimensiones.
A pesar de todo, los franciscanos contaban ya a fines de siglo XIII con más de 1.500 casas, repartidas en 34 provincias, y sus misioneros habían alcanzado Mongolia (Juan de Plano Carpino, 1245-1247) y China (Juan de Montecorvino, 1291) donde fundaron diversos obispados. Verdaderos creadores de la "conciencia misionera de la Europa cristiana" (Knowles), los franciscanos, como los dominicos, fueron los primeros en despertar el interés de Roma por la evangelización de las culturas no europeas, superando así la vieja idea de confrontación ejemplificada en la cruzada.